不知道编程该怎么编？

用高速计数！

你的光栅尺输出的是什么信号？
有些好象是说模拟量信号吧

想差90度的5V 2相方波。有高手指点一下吗？

没有看明白你说的是什么信号，你说的是数字信号吧，选择可以接编码器PLC就可以接了

用 MHM-02B  TTL 转 PLC ，光栅尺信号转为PLC 信号就可以了。
MHM-02A/B 高速光电耦合器 高速光栅隔离器  
MHM-02A  PLC 转 PLC
MHM-02B  TTL 转 PLC
MHM-02AT PLC 转 TTL
MHM-02BT TTL 转 TLL
http://mhm-sh.com/MHM02.htm

http://mhm-sh.com/pic/MHM-06_ljfs02.jpg
http://mhm-sh.com/pic/MHM-02_ljfs.jpg