FX1N的程序能通过软件转换为FX-3U的程序吗，我的意思是直接在编程软件里面转换一下，而对程序不做任何修改。我以前试过，好像不可以，但如果这样不行的话，这个功能有什么用呢？

应该是可以的，你试过不行具体是哪里不行

在编程软件里直接更改PLC型号，但要注意是否用到一些特殊的软元件。

建议楼主先转换，然后再更加编译的错误信息进行修改。
我一般都是这样操作的。

有一些特殊软元件需要调整，这一点需要注意

软件既然有这个功能，就应该可以，有错误会提示，程序结构应该不用动，具体操作数据要按新PLC人为更换。

可以的，直接在程序中选择PLC型号变更一下就行了，然后检查一下软元件编号

有些地方还是不一样的；并不是100%的兼容FX1N的；