MES系统与ERP系统的管理目标和使用对象是不同的。MES系统面向车间生产现场，目标是提高生产效率与品质管控。ERP系统则面向财务，目标是成本核算、资金管控与财务分析。所以ERP系统的生产管理侧重于财务需求，现场管理很弱，所以ERP系统普遍不受车间欢迎。
实际上，MES系统与ERP系统是上下游的配合关系，ERP系统制定计划，MES系统负责执行，并把执行结果返回ERP系统，形成计划与执行的管理闭环才是最佳的管理模式。所以，大部分情况下上线MES系统管生产比购买ERP系统生产模块效果更好。