如题，将变频器的rst接触器线圈和启动停止用一个辅助继电器来控制，准备这样做，会有不好的地方吗？

没看明白你的意思

不好,供电不要与启停同时通断,供电保持,端子启停即可。。。

我也觉得这样不好，主要怕停机时，电动机反向电动势进入变频器烧东西，会这样吗？

不这么控制的。

楼主这样做的目的是什么？
变频器控制自由停车不是更好！

变频器电源不要频繁启停，会炸机的

呵呵；如果你不在意变频器的寿命有严重的影响的话，就这样用吧；
另外你的方法可以更简单点，直接把变频器运行端短接；何必再并到电源上去呢，不是多此一举；

11kw变频，试过通电后，马上启动。。。变频器没反应了。。。。按停止再启动，又能用了。。。。

这么做是不合理的。为什么？因为变频器的电源进线，对变频器的直流母线有一个预充电过程，直流母线还没充好电，就激励变频器启动，这太危险了。西门子的变频器这要做是会报故障的。因为逆变器的供电电压低，不允许变频器运行。