一台800kva的变压器负载时380V 45kw的风机 用变频器拖动，现在开变频运行变压器出线的母线排的N线上就有35~45A的电流，转换到工频运行时母线排上电流消失了，变频器输入侧安装有电源滤波器 输出侧也安装有输出滤波器。N线的电流是否是变频器产生谐波造成的？用什么方法能改善一下。请各位不吝赐教，非常感谢。

附图片：  母线排 R 、S、T、N各相电流

N线进变频器的输入端了？如果是，为什么要这么接线？如果否，那是三相不平衡？也不可能吧？800kVA，比45kW负载大很多呢。所以很不理解你的问题呀。
顺便问下，变频器是谁家的？品牌？

那只能说明你的滤波器白花钱了。国内的滤波器不好使，我用过。不但不能阻止噪声，反而自身发热后烧坏绝缘造成电源短路跳闸。最后干脆扔掉不要了，改为自制的滤波器，反倒效果好。