Windows CE 5.0是微软于2004年7月推出的Windows CE的最新版本。与以前版本相比，Windows CE 5.0的变化主要集中在如下几个部分：
1. 操作系统增强
在硬件驱动方面， Windows CE 5.0新增了对USB 2.0的支持，包括USB 2.0 Host和USB 2.0 Client。
在图形方面，Windows CE新增加了Direct 3D Mobile的支持，Direct 3D Mobile可用来开发嵌入式设备上的3D图形应用程序。此外, Windows CE还增加了对图片格式的支持，操作系统可处理GIF及JPEG等常见的图片文件格式。
在内核层面，Windows CE 5.0支持的系统中断(SYSINTR)从32个增加到64个。此外,还增加了可变的时钟嘀嗒调度。这允许OEM按需产生时钟中断，而不是现在的每ms都要产生一个中断。
2. 统一的构建系统
Windows CE 5.0中把使用Platform Builder构建操作系统与使用命令行构建操作系统进行了统一。在以前的Platform Builder中，使用命令行构建与使用Platform Builder构建采用的是两套不同的机制。这给开发人员造成了一定困难。在Windows CE 5.0中，Platform Builder集成开发环境只是命令行界面的简单封装，使用Platform Builder与使用命令行构建操作系统没有任何功能上的区别。
3. 高质量的BSP
在Windows CE 5.0中，微软对板级支持包的结构作了非常大的改变。将BSP的功能提炼为一些小的库文件，并且对BSP的目录及文件等都做了限定。这样不但简化了BSP的开发，而且相比以前的BSP，更加模块化，结构更加清晰。
此外，在Windows CE 5.0中，微软与开发人员共享了250万行Windows CE操作系统的源代码，占整个Windows CE代码的70%左右。开发人员可在微软的Shared Source License协议的许可下使用这部分源代码。微软的Shared Source License，与GNU的协议有些不一致，可参考下面的链接以查找更多的关于Shared Source License的信息。
http://www.microsoft.com/resources/sharedsource/Licensing
2005年年中，微软又推出了基于Windows CE 5.0的Windows Mobile 5.0平台。新的Windows Mobile 5.0依然包含Pocket PC和Smartphone两种产品，并且集成了.NET Compact Framework 2.0。随着Windows Mobile 5.0的推出，Windows CE 5.0真正进入了大规模应用阶段。
